馆长办公室
　　贯彻落实馆党委、馆长办公会的各项决策；协助馆领导做好全馆业务工作的组织、协调和督查；负责全馆业务制度和业务规范的建设与管理；做好文秘、机要档案、业务统计、对外宣传、外事交流、参观接待及书刊信件收发等工作。

人事组织部
　　贯彻落实馆党委、馆长办公会的各项决策；负责组织发展、干部管理、人员考核、职称评聘、继续教育、工资管理、人事档案及离、退休人员工作。

工会
　　做好职工思想工作，维护职工权益；开展职工文体活动，做好职工福利、女工保健等工作。

后勤保障部
　　做好后勤保障工作，负责全馆财务工作、物品采购、车队管理等工作，做好固定资产管理工作。

物业管理部
　　做好新馆大楼及其它馆舍的管理工作，负责全馆绿化保洁、安全保卫、设备设施管理工作；做好固定资产管理、物品采购工作；做好全馆“三产”管理工作。
 
社会工作部
　　做好讲座、展览、培训、社会活动等工作，负责对外承接会议、展览及各类活动等。

采编部
　　建立具有特色的文献保障体系；做好中外文文献的采购与加工工作；做好公务目录的组织与维护；负责国际交换工作。

读者服务部
　　为读者提供外借、阅览、检索、参考咨询和网络环境下的文献传递、馆际互借等服务；负责典藏文献的管理；开展读者活动和读者培训工作；编制二三次文献；利用馆藏资源和数字资源，做好信息增值服务；负责分馆与图书流通点的建设及盲人图书馆的工作。

信息资源开发部
　　负责馆藏文献资源的开发和数字化资源的加工制作；编制各类专题数据库；负责江苏文化网和南图网站的建设；做好网络信息资源的组织与开发。

信息技术应用部
　　负责全馆业务自动化系统和网络的管理与维护及数字图书馆建设的技术应用；做好全馆各部门应用软件的二次开发与维护；对全馆自动化设备进行统一管理与维护；做好全省文化信息资源共享工程省级分中心工作；负责自动化软件的研制、开发与推广。

历史文献部
　　为读者提供历史文献的阅览、咨询服务；负责历史文献的分编加工与典藏工作；做好历史文献的保护与修复；对馆藏历史文献进行开发利用。

研究辅导部
　　负责全省公共图书馆系统的业务辅导和业务培训工作；开展图书馆学、情报学及相关专业的学术研究；做好江苏省图书馆学会秘书处的工作。

学报编辑部
　　负责《新世纪图书馆》的编辑、出版、发行工作。