党委办公室

　　党委办公室是馆党委的综合办事机构。负责本馆的党务、党建、纪检监察和群团工作。

馆长办公室

　　馆长办公室是馆综合办事和协调的行政机构。负责本馆机要文电、文书档案、外事交流、会务接待工作。

人事组织部

　　贯彻落实馆党委会、馆长办公会的各项决策、部署；负责组织发展、干部管理、人员调配、人员考核、职称评聘、工资社保、人事档案、离退休人员工作。

工会

　　负责工会委员会的日常工作。通过职工（代表）大会和其他形式，参加本单位民主管理和民主监督。做好职工思想工作，维护职工权益；开展职工文体活动，做好职工福利、女工保健工作。

后勤保障部

　　负责本馆财务管理、物资及服务采购、公车管理、停车场管理、信件收发等工作。

物业管理部

　　负责本馆的安全保卫、馆舍建筑、楼宇通用设备、资产、环境卫生等工作的运行维护、监督检查等。

业务管理部（公共数字文化建设中心）

　　负责本馆业务工作的协调管理，拟订业务发展规划及工作规范，统筹全省公共数字文化建设工作。

采编部

　　负责本馆中外文纸质文献资料的采购、收集、征集、加工及文献的馆际交换工作。

读者服务部

　　负责提供文献外借、阅览、检索、办证、咨询、多媒体欣赏、二三次文献编制工作；开展公益培训及读者活动。

典阅部

　　负责典藏文献的阅览、深度分编合订和保存管理；开展典藏资源的整理研究、开发利用。

参考咨询部

　　负责为本省党政机关、企事业单位、科研院所及个人提供社会科学、自然科学和工程技术等方面的信息服务。

信息资源开发部

　　负责南京图书馆网站和相关网站的建设、运行与维护；负责本馆商业数据库的采购、维护与宣传；负责本馆自建特色数据库、全文数字资源、江苏地方特色网络资源以及江苏公共文化视频资源的建设与网络发布。

信息技术应用部

　　负责本馆信息化建设和网络安全，承担信息基础设施建设、管理和维护，新技术应用与服务，为数字图书馆和智慧图书馆建设提供技术支撑。

历史文献部（江苏省古籍保护中心办公室）

　　负责馆藏古籍和民国文献的收藏、保护、研究与利用，统筹开展全省古籍保护工作。

研究部（国学研究所）

　　负责本馆学术交流、专业研究、荐读推广等相关工作。

社会工作部（阅读推广部）

　　负责南图讲座、公益展览、文创开发、阅读推广、读者活动策划等工作。

《新世纪图书馆》编辑部

　　负责《新世纪图书馆》的编辑、出版、发行工作。

江苏省图书馆学会秘书处

　　负责江苏省图书馆学会的日常工作，开展馆际学术交流合作。